Vào ngày 17 tháng 6 năm 2021, hơn 500 cảnh sát Hồng Kông lại đột kích vào trụ sở của tờ Apple Daily. Họ đã bắt giữ Tổng Giám đốc Cheung Kim-hung, COO Royston Chow, Tổng biên tập Ryan Law, Nhà xuất bản cộng sự Chan Pui-man và Giám đốc nền tảng trực tuyến của Apple Daily Cheung Chi-Wai với cáo buộc vi phạm Điều 29 của Luật an ninh quốc gia do "cấu kết với nước ngoài hoặc với các yếu tố bên ngoài nhằm gây nguy hiểm cho an ninh quốc gia".[11][12]

Vụ đột kích và bắt giữ đã bị Hoa Kỳ,[13] Liên minh Châu Âu và Vương quốc Anh,[14] cũng như người phát ngôn nhân quyền của Liên Hợp Quốc chỉ trích.[15] Họ cho rằng luật an ninh quốc gia đang được chính quyền sử dụng để đàn áp tự do báo chí. Các cáo buộc này đã bị bác bỏ bởi Trung Quốc. Theo Bắc Kinh, "vụ việc này không liên quan gì đến tự do báo chí" và các thế lực bên ngoài nên "ngừng lợi dụng lý do tự do báo chí để phá hoại nền pháp quyền của Hồng Kông."[16]

Người dân Hồng Kông đã thể hiện sự ủng hộ đối với tờ báo bằng cách đổ xô mua tờ báo này, khiến cho số lượng in của nó lên đến hơn nửa triệu tờ một ngày sau vụ bắt giữ.[17]

Tài sản của ba công ty có liên quan là Apple Daily Ltd, Apple Daily Printing Ltd và AD Internet Ltd cũng đã bị đóng băng kể từ ngày 14 tháng 5, và các tài khoản ngân hàng thuộc về Jimmy Lai trị giá hơn 500 triệu USD cũng bị chính quyền đóng băng.[18] Vào ngày 21 tháng 6, tờ Apple Daily thông báo rằng trừ khi các tài khoản trên được khôi phục, nó sẽ phải đóng cửa vì không thể trả lương cho nhân viên hoặc duy trì chi phí hoạt động.[19] Vào ngày 23 tháng 6, Apple Daily chính thức thông báo sẽ đóng cửa "vì sự an toàn của nhân viên." Ấn phẩm in cuối cùng được ra mắt vào ngày 24 tháng 6 và trang tin tức kỹ thuật số của Apple Daily sẽ ngưng hoạt động muộn nhất vào ngày 26 tháng 6 năm 2021.[20][3]